抗性研究大揭秘！RNA-seq与ChIP-seq联手，解读肝脏p53的抗辐射秘籍

　　相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation sensitivity”为题发表在《Cell Reports》期刊（IF 8.8）。

Cell Reports期刊

　　　　研究要点：

　　RNA-seq和ChIP-seq显示p53辐射反应具有共有性和组织特异性

　　肝脏p53靶向凋亡靶基因，但不能调控其表达

　　p53C末端抑制肝细胞凋亡基因，具有放射抗性

　　p53C末端是肝脏特异性基因对辐射反应所必需的

　　　　材料方法：

　　样本处理：对21日龄不同基因型C57/Bl6小鼠进行2Gy精密X射线照射。X光照射的小鼠和年龄匹配的未受照射的对照小鼠在笼中保持3h。称重21日龄不同基因型C57/Bl6小鼠，在PBS（10μg/g体重）或PBS中腹腔注射100μl阿霉素。

　　方法：RNA提取、qRT-PCR、RNA-seq、ChIP-seq、TUNEL（通过标记核酸末端检测DNA片段）、免疫印迹。

　　　　研究结果：

　　1、DNA损伤诱导小鼠胸腺和脾脏的p53依赖性细胞凋亡，但不诱导肝脏凋亡

　　2、X射线诱导p53直接转录靶标的共同核心集

　　3、肝脏p53无法上调凋亡基因

　　4、无法上调肝脏中的p53凋亡靶点不是由于基因占用减少

　　5、肝脏p53靶基因表达缺陷有两种机制

　　6、p53的C末端阻止肝脏中p53细胞凋亡靶标的上调

　　7、p53的C端阻止X射线诱导的肝脏凋亡

　　关于易基因染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)

　　染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。

　　DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或DNA结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的DNA片段，并进行纯化和文库构建，然后进行高通量测序，通过将获得的数据与参考基因组精确比对，研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组DNA序列之间的关系，也可对多个样品进行差异比较。

　　　　应用方向：

　　ChIP 用来在空间上和时间上不同蛋白沿基因或基因组定位

　　转录因子和辅因子结合作用

　　复制因子和 DNA 修复蛋白

　　组蛋白修饰和变异组蛋白

　　　技术优势：

　　物种范围广：细胞、动物组织、植物组织、细菌微生物多物种富集经验；

　　微量建库：只需5ng以上免疫沉淀后的DNA，即可展开测序分析；

　　方案灵活：根据不同的项目需求，选择不同的组蛋白修饰特异性抗体。